За 102 года своей деятельности Национальный музей Республики Алтай имени А.В. Анохина награждался:

Дипломом II степени Всероссийского смотра за активную работу по коммунистическому воспитанию трудящихся. 22 апреля 1970 г.

Дипломом II степени Всероссийского смотра массовой научно-просветительной работы музеев, посвященной 50-летию СССР за активную работу по коммунистическому воспитанию трудящихся. 1972 г.

Дипломом за активное участие в смотре работ отделов истории Советского общества музеев РСФСР, посвященное 60-летию Великой Октябрьской Социалистической революции. 1977 г.

Включен в Национальный реестр «Ведущие учреждения культуры России». Свидетельство № 2110. 2012 г.

Почетным знаком «За активную работу по патриотическому воспитанию граждан Российской Федерации». 24 апреля 2013 г. № Б-2399

Государственной премией имени Чорос-Гуркина в области литературы и искусства за реализацию творческих и исследовательских работ в области сохранения, изучения и популяризации наследия великого художника, общественно-политического деятеля Григория Ивановича Чорос-Гуркина.