Богатая и разнообразная история Горного Алтая освещается через музейные предметы и музейные коллекции, которые широко представлены в экспозициях и выставках для различных категорий посетителей Национального музея имени А. В. Анохина.

С 1927 по 1930 г. Ойротский музей состоял из трех отделов: естественно-географического (природы), экономического и культурно-исторического. Историей области занимался культурно-исторический отдел с темами: археология и палеонтология, этнография, религиозные верования и т.д. Основной задачей в работе научных сотрудников данного отдела было сбор, экспонирование и пропаганда истории Горного Алтая.

В 1930-е гг. в стране все большее значение стали придавать пропаганде социалистических преобразований. На 1 Всероссийском музейном съезде, прошедшем в 1930 г., были определены задачи создания отделов социалистического строительства во всех краеведческих музеях. На основании этого в Ойротском музее была разработана типовая структура краеведческого музея, состоящая из трех экспозиционных отделов – природы, истории и социалистического строительства. Регламентировались следующие принципы построения экспозиций: политическая заостренность, историчность, комплексность в показе материалов, правильное вскрытие на местном материале сущности общих процессов социалистического строительства, всемерное усиливание массово-идеологической работы. Планирование музейного строительства должно был осуществляться в рамках народнохозяйственных 5-летних планов.

В апреле 1932 г. на основе указаний Наркомпроса музеем разрабатывается план, по которой предусматривается создание следующих разделов в экспозиции музея: производительных сил природы, истории общественных формаций, социалистического строительства, художественный. Кроме того, была поставлена задача создать сельскохозяйственный подраздел и отразить в экспозициях все главнейшие формы хозяйства Ойротии – животноводство, мараловодство, полеводство, пчеловодство; промыслы – охотничий, кедровый и т.д. В виду невозможности воплощения планов в имеющихся в распоряжении музея трех маленьких комнат ставится вопрос о предоставлении музею всех помещений здания, в котором размещались Ойротская художественная школа и Областной архив.

В 1937 г. музей получает директивные указания Наркомпроса РСФСР и резолюцию доклада «Отражение Сталинской Конституции в краеведческих музеях» по которой «прямой задачей краеведческих музеев является отражение в экспозициях Сталинской Конституции, которая представляет собой итог пройденного пути, итог уже добытых завоеваний; музеи должны при развертывании выставки и экспозиции наглядно показать в них руководящую роль партии и победы социализма, показать величие учения Ленина – Сталина о построении социализма…».

В 1937 г. созданы три отдела: отдел истории, отдел природы, и отдел социалистического строительства. 30 декабря 1941 г. в эксплуатацию вводится достроенное каменное здание картинной галереи. В 1942 г. построенном для картинной галереи помещении был открыт расширенный новый отдел природы, в экспозиции которого нашли отражение следующие темы: географическое положение области, рельеф, климат, почвы, полезные ископаемые и животный и растительный мир.

В отделе истории дореволюционного прошлого экспонировались археологические коллекции, этнографические предметы домашней утвари, одежды, орудия земледельческого труда, скотоводства, предметы охотничьего и орехового промыслов и т.д.

В экспозиции отдела советского периода нашли отражение такие темы как «Октябрьская Социалистическая революция», «Гражданская война», «Образование Горно-Алтайской автономной области», «Коллективизация», «Великая Отечественная война», «Развитие хозяйства, промышленности и культуры алтайского народа».

К концу 1946 г. начинается реэкспозиция отдела социалистического строительства, открытого еще в 1938 г. К 1947 г. были введены подтемы: «Первая мировая война», «Великая Октябрьская социалистическая революция», обновлены экспозиции «Военная интервенция и гражданская война» и «Великая Отечественная война и участие в ней местного края».

Новый, современный этап развития музея связан с переездом в 1989 г. в новое трехэтажное здание, построенное специально для него, а также созданием новых экспозиций и выставок, несмотря на ограниченное финансирование. Тем не менее, Горно-Алтайский областной краеведческий музей приступил к новому этапу своей деятельности, которая совпала с новыми историческими условиями, с временем распада СССР и создания независимых государств.

Изменение экономической, политической ситуации в стране, в первую очередь сказалось на деятельности музея. Положение музейных сотрудников осложнилось отсутствием новых концептуальных подходов к изучению и освещению исторического процесса, наличием «белых пятен» в отечественной истории и т.д. Особенно остро эти проблемы проявились в экспозиционной работе. Привлечение внимания к «белым пятнам» истории и запретным когда-то темам сделали интерпретацию истории региона приоритетной, потребовали переосмысления основополагающих подходов построения исторической экспозиции.

Для посетителей музей начал работать с 26 сентября 1990 г., хотя стационарные экспозиции отсутствовали. В 1990 г. были открыты временные выставки: «Горный Алтай в годы Великой Отечественной войны», «Животные и птицы Горного Алтая», «Этнографические рисунки Г.И. Чорос-Гуркина», «Западно-европейский и китайский фарфор» с привлечением фондов Бийского краеведческого музея. Также были разработаны передвижные выставки «Творческое наследие Г.И. Чорос-Гуркина», которые экспонировались в селах Шебалинского района, «Из культурного наследия Алтая», «Алтайская женская одежда», «Алтайская женщина в рисунках Г.И. Чорос-Гуркина» и т.д. Оформление залов, экспозиций выполнялось художниками И.И. Ортонуловым, А.И. Козловцевым, Я. Кыиновым и т.д. С переездом музея в новое здание художественный отдел получил возможность вести экспозиционно-выставочную работу, показывать посетителям самое интересное, что собиралось и хранилось музеем на протяжении всей деятельности. С первых дней работы нового музея сотрудниками была подготовлена выставка ретроспективного характера, где были представлено изобразительное искусство Горного Алтая, начиная с Г.И. Чорос-Гуркина и Н.И. Чевалкова и заканчивая работами молодых художников.

В 1990 г. 28 мая распоряжением Совета Министров РСФСР № 599-Р г. Москвы и Приказа Министерства культуры РСФСР от 08.06. 1990 г. № 204 Горно-Алтайскому областному краеведческому музею было присвоено имя А.В. Анохина.

Выражая политические настроения и ожидания общества в связи с преобразованиями в стране в 1990-х гг., внеочередная сессия областного Совета народных депутатов 25 октября 1990 г. приняла Декларацию о государственном суверенитете. Верховный Совет РСФСР Законом РСФСР от 3 июля 1991 г. преобразовал Горно-Алтайскую автономную область в республику в составе РСФСР. Область получила новое название – Горно-Алтайская автономная Социалистическая Республик. Она была переименована в феврале 1992 г. – в Республику Алтай. В связи с этим музею придан статус республиканского.

В 1993 г. произошла реорганизация в музее, из двух отделов – дореволюционного прошлого и советской истории создан отдел истории, художественный отдел переименован в отдел культуры и искусства. Продолжали функционировать отдел природы и фонды, работает научная библиотека.

На сегодняшний день в фондах Национального музея Республики Алтай им. А.В. Анохина хранится – 1646 произведений живописи, 1726 – листов графики, 77 – объектов скульптуры. Сформирована основная экспозиция художественного отдела музея, построенная по принципу историзма и преемственности поколений.

18 апреля 2002 г. вышло Постановление Правительства Республики Алтай о придании республиканскому краеведческому музею имени А.В. Анохина статуса «Национальный музей Республики Алтай имени А.В. Анохина.

В настоящее время в музее существует пять отделов: природы, истории, художественный, экскурсионно-массовый и отдел фондов, работает также научная библиотека.

Экскурсионно-массовый отдел образовался 01.09.2012 г. и занимается вопросами организации экскурсионной деятельности музея, заключения договоров с организациями на экскурсионное обслуживание, разработкой и внедрением новых форм социокультурной работы, организацией массовых мероприятий, информационно-просветительской и рекламной работой с общественностью и СМИ.